Các chỉ trích tổ chức Ân xá Quốc tế có thể được phân thành hai loại chính: các cáo buộc về thiên vị trong chọn lựa và các cáo buộc về thiên vị có liên quan đến hệ tư tưởng. Trong các chỉ trích thuộc loại thứ hai, nhiều chính phủ, trong đó có Trung Quốc,[6] Congo Kinshasa,[7] Israel, Nga,[8] Hàn Quốc,[9] Mỹ,[10] và Việt Nam[11] đã phản đối Ân xá Quốc tế về những báo cáo mà các chính phủ này khẳng định là một chiều, hay vì Ân xá Quốc tế đã không coi các mối đe dọa an ninh là một nhân tố cần xem xét. Các công ty cũng tham gia chỉ trích, trong đó có hãng Total.[12][13] . Năm 2016, Bộ Ngoại giao Thái Lan đã có phản ứng về Báo cáo tình hình nhân quyền thế giới 2015-2016 của Tổ chức Ân xá Quốc tế (AI), trong đó khẳng định đây là một báo cáo "không cân bằng" và "không xét đến bối cảnh đặc biệt" của tình hình nước này. Bộ ngoại giao Thái Lan cho rằng báo cáo đã "phớt lờ các thách thức dai dẳng mà Thái Lan đang đối mặt, đó là nhu cầu cần phải có sự cân bằng giữa quyền tự do tụ tập và tự do bày tỏ quan điểm trong khi phải ngăn chặn các xung đột chính trị tái diễn."[14].

Những bài phê bình

• Jonathan V. Last, Calling It Like They See It, FrontPageMagazine, ngày 3 tháng 4 năm 2003. Alleges AI has anti-American/Israel bias.
• Christopher Archangelli, Amnesty for Iraq, FrontPageMagazine, ngày 24 tháng 4 năm 2003. Allages AI has anti-American bias regarding Iraq.
• NGO Monitor Criticisms of Amnesty International – Points to a running list of criticism of various NGOs, AI in particular.
• Michael Mandel, How America Gets Away With Murder: Illegal Wars, Collateral Damage and Crimes Against Humanity, Pluto Press 2004. Alleges AI is selective in defending "human rights", in particular, regarding the US-Iraq war 2003, and the War in the Balkans.
• Paul de Rooij, AI: Say It Isn't So, CounterPunch, Oct. 31, 2002.
• Paul de Rooij, AI: The Case of a Rape Foretold, CounterPunch, Nov. 26, 2003.
• Paul de Rooij, AI: A false beacon?, CounterPunch, Oct. 13, 2004. Contains a reading list.